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A su regreso impartió durante veinte meses un curso de anatomía en la Universidad de Valladolid, donde se autorizó por primera vez en una universidad española la disección de un cadáver. Este curso tuvo una gran influencia entre todos los médicos españoles de la época. Por indicación de Felipe II, es nombrado médico de cámara de la reina Catalina de Portugal. A los tres meses de su llegada a Portugal es nombrado profesor de la Universidad de Coimbra, donde publicó su obra más importante “Discusión sobre temas anatómicos entre Galeno y Vesalio”. Fallece Guevara a principios del siglo XVII.
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